Kavakçı, 19 Ağustos 1968'de Sakarya doğumlu İslam hukuku profesörü Yusuf Ziya Kavakçı ile Ispartalı , Alman dili ve edebiyatı uzmanı Gülseren Gülhan Kavakçı'nın kızı olarak Ankara'da doğdu. Babası, 1970'li yıllarda Atatürk Üniversitesi İlahiyat fakültesi dekanıydı. Anne ve babası 1974 yılından sonra üniversitelerde ilk türban eylemi yapanlar arasında anılmaktadır. Türbanından dolayı üniversitede tepki çeken annesi Atatürk Üniversitesi'ndeki görevinden istifa etti. Babası ise yetkisini keyfi kullandığı gerekçesiyle görevinden alındı ve 1982'de üniversiteden istifa etti. Daha sonra ABD'ye yerleşen babası, şu anda Islamic Association of North Texas'da görev yapmaktadır.Merve Kavakçı'nın çocukluğu Erzurum'da geçti.TED Ankara Koleji'ni bitirdikten sonra Ankara Üniversitesi tıp fakültesine girdi. Burada iki yıl okuduktan sonra baş örtüsü yasağı nedeniyle okuldan ayrıldı. Daha sonra ABD'ye giderek Texas Üniversitesi'nde Bilgisayar Mühendisliği eğitimi aldı. Üniversite birinci sınıftayken Ürdün asıllı ABD vatandaşı Ali Ahmad Abushanab ile evlendi. ABD vatandaşlığını evliliği dolayısıyla kazandığını söyledi, ama ABD'nin vatandaşlıkla ilgili prosedürleri öne sürülerek vatandaşlığı daha önceden kazanmış olduğu da iddia edildi.Bu evliliğinden Fatma Gülham ve Meryem Ali isminde iki kızı oldu. Eşinden 17 Haziran 1993'de ayrıldı , ayrılma gerekçesi olarak eşinin Türk düşmanlığı yaptığını iddia etti. Eşinden ayrıldıktan sonra Türkiye'ye döndü, siyasi hayatına başladı. 29 Ekim 1999'da Sivaslı iş adamı Bekir Lütfü Yıldırım ile evlendi.2005 yılında şiddetli geçimsizlik nedeniyle ayrıldılar.Temmuz 2010'da Adalet Partisi milletvekillerinden Nadir Latif İslam'ın oğlu doktor Cihangir İslam ile üçüncü evliliğini yaptı. Kavakci'nin Harvard Universitesi'nden kamu yonetimi yuksek lisansi ve Howard Universitesi'nden siyasal bilim doktorasi var.
